Jeśli chodzi o zastosowania, kulki magnetyczne mogą służyć rozwojowi intelektualnemu dzieci, pomagając im zrozumieć kształty geometryczne i struktury przestrzenne; mogą być stosowane również przez osoby dorosłe w celu złagodzenia stresu, pozwalając im zrelaksować się poprzez zabawę kulkami magnetycznymi; ponadto kulki magnetyczne są wykorzystywane w eksperymentach naukowych w celu zademonstrowania podstawowych zasad działania pól i sił magnetycznych.
Podczas korzystania z kulek magnetycznych należy zwrócić uwagę na następujące kwestie: Po pierwsze, ponieważ kulki magnetyczne mają silny magnetyzm, należy unikać umieszczania ich w pobliżu urządzeń elektronicznych, aby zapobiec zakłóceniom w ich normalnym działaniu; po drugie, kulki magnetyczne nie są odpowiednie dla małych dzieci, gdyż przypadkowe połknięcie może spowodować poważne problemy zdrowotne; na koniec należy unikać długotrwałego narażania kulek magnetycznych na działanie wysokich temperatur, ponieważ może to mieć wpływ na ich magnetyzm.